Hola Alberto, llevo una semana muy liada y no he tenido tiempo de comentarte algunas cosas sobre esta duda que tienes.
Lo que te voy a contar, es mi OPINIÓN, que no tiene por que ser ley y puedo estar muy equivocado, pero es lo que pienso. Espero no te ofendas por mis comentarios y que no te molesten mis palabras.
Tu no tienes una duda sobre el concepto de extrusión, TU no aplicas o no has entendido el concepto en si. A ver si me explico:
El diseño de una pieza en 3D se compone de operaciones, pueden ser una o pueden ser muchas y en la gran mayoría de ellas, hay que "construir" un boceto, que es un contorno en 2D, para después darle un volumen. Operaciones son extrusión, revolución, barrido, agujero, radio, chaflán, etc. Las cuatro primeras que te he nombrado, necesitan un boceto para poder hacer esas operaciones; las otras no, aunque se pueden hacer en el boceto, algo que yo no suelo hacer por norma general. Hay que intentar simplificar los bocetos al máximo, porque a la hora de editarlos para modificar algo, contra mas complejos, mas problemas puedes tener. Además, separar las formas en varias operaciones, da mas agilidad a los programas a la hora de hacer sus cálculos. Imaginemos un rectángulo con las esquinas redondeadas o con chaflanes y tres agujeros de ø5, podemos hacer un boceto con dicho rectángulo, redondear las esquinas y dibujar los tres círculos de ø5, para luego darle la altura correspondiente con la extrusión. Que la hagas para un lado o para otro, al ser la primera operación NO tiene ninguna importancia. Mi consejo, si lo haces centrado en TODOS los planos, a la hora de hacer montajes, podrás usar los planos como referencias.
Pues YO no haría así la pieza, porque para modificar algo, debes de editar el boceto, algo que en este caso no te daría problemas, pero en piezas con mas operaciones si. Mi forma de hacer la pieza es rectángulo, extrusión, agujeros y después los chaflanes. A mi me enseñaron que los chaflanes y los radios, siempre que se puedan, al final.
Volviendo a tu problema, la extrusión consiste en darle altura a un contorno CERRADO. Lo que exista dentro de ese contorno, podrías usarlo o ignorarlo, siempre y cuando sean CONTORNOS, no puntos. Cuando terminas la extrusión, el boceto empleado es consumido por esa operación y ya no lo puedes usar para nada mas. En algunos programas (por ejemplo en el que uso yo, Inventor), podemos compartir el boceto y usarlo para otras operaciones. Con tu programa no lo se, no lo he probado y en estos momentos tengo mas ganas de irme a dormir, que de abrir ningún programa.
Mi siguiente recomendación es que aunque puedas compartir bocetos, no lo hagas, pues creo mas necesario llegar a entender la extrusión, antes de lanzarse a experimentos, que siempre al final no dan nada mas que problemas.
Resumiendo, en tu caso, cuando extruyes, los puntos se que dan en la superficie de tu pieza pero no te sirven para nada, ya que no los ves y no los puedes usar.
Haz la extrusión, créate un boceto en una de las caras y pon los puntos con sus cotas. Sal de ese boceto, elige la operación de agujero y procede ha hacerlos como es normal. No intentes hacer todas las operaciones de una sola vez, sería un grave error y a la larga te darás cuenta.
Es mi consejo.